Lời trăng trối cuối cùng Mạc_Ngọc_Liễn

Tháng 5 năm 1594, Kính Cung cử ông làm thái phó[6], mang quân về chiếm cứ Yên Tử (Quảng Ninh) rồi đánh phá Vĩnh Lại. Trịnh Tùng sai Nguyễn Hoàng mang quân tới đánh. Quân Mạc thua trận, chạy sang đất Trung Quốc. Kính Cung chạy vào Long châu, còn Ngọc Liễn chạy về Vạn Ninh[6].

Tháng 7 năm 1594, Mạc Ngọc Liễn ốm nặng, khi sắp mất ông để thư lại dặn vua Mạc Kính Cung như sau:

“"Nay khí vận nhà Mạc đã hết, họ Lê lại trung hưng, đó là số trời. Dân ta là người vô tội mà khiến để phải mắc nạn binh đao, ai nỡ lòng nào! Chúng ta nên lánh ra ở nước khác, nuôi dưỡng uy lực, chịu khuất đợi thời, chờ khi nào mệnh trời trở lại mới làm được, chứ không thể lấy lực chọi với lực. Khi hai con hổ tranh nhau, tất phải có một con bị thương, không có ích gì cho công việc. Nếu thấy quân họ đến đây thì chúng ta nên tránh đi, chớ có đánh nhau với họ, cốt phòng thủ cẩn thận là chính; lại chớ nên mời người Minh vào trong nước ta mà để dân ta phải lầm than đau khổ, đó cũng là tội lớn không gì nặng bằng.[6].”

Ông mất ngày 2 tháng 7 âm lịch năm đó. Sau khi ông qua đời, con ông là phò mã Đông Sơn hầu chạy sang Long châu[6], theo Mạc Kính Cung tiếp tục chống chính quyền Lê-Trịnh. Mạc Kính Cung và các vua Mạc sau tiếp tục làm theo lời dặn của ông, tranh thủ sự ủng hộ của nhà Minh để cát cứ ở đất Cao Bằng nhưng tuyệt nhiên không mượn quân Minh sang đánh nhà Hậu Lê.